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Herramientas para el estudio de microRNA

En el Blog de Montarodan hemos conocido la siguiente lista de herramientas útiles para el estudio de microRNAs, un campo de la biología molecular en expansión que ha despertado un destacado interés por parte de la industria farmacéutica y de la investigación básica.

  • mirTools un servidor web para el perfil y el descubrimiento de microRNA sobre la base de datos de alto rendimiento de secuenciación.
  • miRDeep El descubrimiento de los miRNAs conocidos y nuevos de datos de la secuenciación de profundidad
  • deepBase una base de datos para anotar y profundamente minería profunda datos de la secuenciación
  • miRExpress Análisis de datos de alto rendimiento de secuenciación de perfiles de expresión de microARN
  • miRanalyzer La detección microRNA y herramienta de análisis de la próxima generación de experimentos de secuenciación de mirRNA
  • CID-mirRNA identificación computacional de microARN
  • miRCat Clasificación de miRNA

The impact of microRNA on protein output

Science Watch incluye como artículo destacado en el campo de la Biología (HOT PAPER IN BIOLOGY) el publicado en la revista Nature, 455(7209): 64-71, 4 September 2008 "The impact of microRNA on protein output" por Daehyun Baek, Judit Villen, Chanseok Shin, Fernando D. Camargo, Steven P. Gygi, y David P. Bartel, del Whitehead Institute for Biomedical Research, Cambridge, MA; Howard Hughes Medical Institute, MIT, Cambridge, MA y Harvard Medical School, Boston, MA.

Abstract: MicroRNAs are endogenous approximately 23-nucleotide RNAs that can pair to sites in the messenger RNAs of protein-coding genes to downregulate the expression from these messages. MicroRNAs are known to influence the evolution and stability of many mRNAs, but their global impact on protein output had not been examined. Here we use quantitative mass spectrometry to measure the response of thousands of proteins after introducing microRNAs into cultured cells and after deleting mir-223 in mouse neutrophils. The identities of the responsive proteins indicate that targeting is primarily through seed-matched sites located within favourable predicted contexts in 3' untranslated regions. Hundreds of genes were directly repressed, albeit each to a modest degree, by individual microRNAs. Although some targets were repressed without detectable changes in mRNA levels, those translationally repressed by more than a third also displayed detectable mRNA destabilization, and, for the more highly repressed targets, mRNA destabilization usually comprised the major component of repression. The impact of microRNAs on the proteome indicated that for most interactions microRNAs act as rheostats to make fine-scale adjustments to protein output.

PMID: 18668037 [PubMed - indexed for MEDLINE] : PMC2745094 Free PMC Article

Total citas hasta la fecha: 277

miRNA blog

miRNA Blog
…Trying To Keep Track Of Advances In miRNA Research…

Este es un blog interesante en el que se puede seguir las últimas publicaciones del campo o desde el que se puede uno introducir en el nuevo conocimiento que se está desarrollando sobre microRNA. Por el momento el blog es anónimo porque no se ha identificado su autor.